Есть замечательный клиент EiskaltDC для сетей strongdc. Клиент ко всему прочему поддерживает magnet-ссылки. Осталось научить gnome понимать и открывать их. Рецепт под катом.

Открываем терминал и вставляем следующие строки:

gconftool-2 -t string -s /desktop/gnome/url-handlers/magnet/command "/usr/bin/eiskaltdc %s"
gconftool-2 -s /desktop/gnome/url-handlers/magnet/needs_terminal false -t bool
gconftool-2 -t bool -s /desktop/gnome/url-handlers/magnet/enabled true

Теперь можно открывать magnet-ссылки из браузеров и всего остального.